Donde las condiciones son propicias, los hongos proliferan, formando colonias, y los niveles de micotoxina pueden llegar a ser altos. Las micotoxinas varían grandemente en su peligrosidad. Algunos hongos producen solamente toxinas severas en niveles específicos de humedad, de temperatura o de oxígeno en el aire. Otras son mortales, causan enfermedades o problemas de salud identificables, algunas debilitan el sistema inmune sin producir síntomas específicos, actúan como los alergénicos o irritantes, y otras no tienen ningún efecto conocido en el organismo humano. Algunas micotoxinas causan la muerte de animales del campo. La función de las micotoxinas proteger al organismo que las produce ante otros que pueden, si no matarlo, impedir su máximo desarrollo y crecimiento generando competencias. En este sentido, Fleming descubrió la penicilina como consecuencia de que los hongos que estaba cultivando en las placas de Petri inhibieron el crecimiento de bacterias a su alrededor.
Los hongos que crecen sobre los vegetales no sólo son responsables del deterioro de los mismos, sino que también producen una serie de metabolitos que actúan como antibióticos frente a otros organismos que vayan a ocupar ese nicho ecológico y que en determinadas ocasiones pueden llegar a ser ingeridos por los seres humanos, ya sea directamente o bien porque las ingerimos con otros alimentos como carnes, leche o derivados. Las micotoxinas, son compuestos ubicuos que difieren mucho en sus propiedades químicas, biológicas y toxicológicas lo que implica que el problema de las micotoxicosis comienza en el campo y continúa durante toda la cadena de transformación-comercialización que acaba en la mesa del consumidor. Por lo tanto, la contaminación de la fruta por hongos causa no sólo altas pérdidas después de la recolección sino que también constituye una fuente de sustancias tóxicas y peligrosas para el ser humano.
Unas pocas micotoxinas se han comprobado en brotes de intoxicación animal y humana, y otras muchas se han ensayado en animales de experimentación. Se denomina micotoxicosis primaria a la que se produce al consumir vegetales contaminados, y secundaria a aquella que se produce al ingerir carne o leche de animales que comieron pastos o piensos con micotoxinas.
Cuanto más compleja es la ruta biosintética de estos metabolitos secundarios, más restringido es el número de especies de hongos productores. Por ejemplo: las esporidesminas son formadas solamente por Pithomyces chartarum. La aflatoxina B1 es generada por tres especies estrechamente relacionadas Aspergillus flavus, Aspergillus nomius y Aspergillus parasiticus. Muchas veces la presencia de varias micotoxinas en conjunto, impiden el aislamiento de antibióticos o compuestos agrofarmacológicos útilies.
Las micotoxinas aparecen en la cadena de alimentos como resultado de la infección fúngica de la cosecha. Si una cosecha infectada no es comida por los seres humanos, la micotoxina sigue siendo peligrosa para la salud humana, porque la cosecha puede ser dada como alimento a los animales de granja. Las micotoxinas resisten la descomposición o no son inutilizadas durante la digestión, así que permanecen en la cadena de alimentos en carnes y productos lácteos. Incluso los tratamientos de temperatura, tales como cocinar y congelar, no destruyen todas las micotoxinas. Por ejemplo enfermedades del oidium (también se llama oidio) de Fusarium ssp en cereales, o la infección de productos almacenados.
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